เอ็กซ์และพรรคพวกได้เดินทางมาถึงมิอาเร่ซิตี้ เมืองหลวงขนาดใหญ่ ท่ามกลางความกังวลไม่รู้แม้กระทั่งว่าศัตรูอยู่ที่ไหน ในที่สุดพวกเขาก็มาถึงสถาบันวิจัยอันเป็นจุดหมาย แต่ทว่า… กลไกของวิวัฒนาการเมก้าเริ่มกระจ่างขึ้นทีละนิด!! การเดินทางหลบหนีของเหล่าเด็กหนุ่มสาวเริ่มเข้มข้นขึ้นทุกขณะแล้ว!!